Zudem hat die Kirchengemeinde und auf ihrem Gelände weitere Nistkästen für baumbrütende Vogelarten aufgehängt. Vor der Kirche sei zudem eine "Bienenweide" entstanden mit Pflanzen, die Bienen und anderen Insekten Nahrung bieten.
Das Projekt "Lebensraum Kirchturm" startete der NABU 2007 zusammen mit dem Beratungsausschuss für das deutsche Glockenwesen. Ziel ist es, die Kirchtürme wieder so zu öffnen, dass menschennah lebende Vögel dort brüten können. Im Hamburg ist die Michaeliskirche Neugraben die zweite Kirche mit dieser Auszeichnung, die erste war St. Johannis Harvestehude.