In ihrer neuen Funktion dient die Thomaskirche vor allem der regionalen Jugendarbeit. In eigener Verantwortung und mit räumlicher Freiheit soll hier evangelischer Glaube gedacht und ausprobiert werden. Die Jugendkirche soll Entfaltungsmöglichkeiten geistlichen Lebens bieten. Die Vermittlung von christlichen Inhalten steht ebenso auf dem Programm wie Schulung und Bildung, Kultur und Workshops, Freizeiten und besondere Projekte bieten. Die Jugendlichen werden professionell von drei Mitarbeitenden begleitet.
Die Thomas-Kirche wurde 1935 als Ableger von Alt-Rahlstedt errichtet. Nach dem 2. Weltkrieg wurde der Kirchbau vergrößert und der markante Turm gebaut. 1983 kam das Gemeindezentrum hinzu. Der Abschied von der Thomas-Kirche wird mit einem Gemeindefest begangen (2. September, 17 Uhr).
Die Thomaskirche ist die zweite Jugendkirche in Hamburg. Bereits 2009 entstand die Jugendkirche des Kirchenkreises Hamburg-West/Südholstein in Großflottbek. Unter der Leitung eines Jugendpastors wird hier vor Ort Kirche für Jugendliche erfahrbar gemacht. Dies geschieht durch Gottesdienste, Ausstellungen und viele einzelne Projekte.