Die rund 100 Jahre alte Flussschifferkirche ist das Zentrum der seelsorgerlichen Arbeit der Gemeinde. An Bord findet jeden Sonntag ein Gottesdienst statt. Auch für Trauungen und Taufen wird sie gern genutzt.
Das markante Schiff hat in der Hamburger Speicherstadt in der Nähe der Hauptkirche St. Katharinen festgemacht. Von hier aus startet zweimal in der Woche von März bis Dezember ein Team ehrenamtlicher Helfer und Diakone mit der 80 Jahre jungen Barkasse Johann Hinrich Wichern in das Hamburger Hafengebiet. Die Mitarbeiter der Flussschifferkirche suchen die Binnenschiffer und ihre Familien an ihrem Arbeitsplatz auf. Dabei bringen sie neben einer Tageszeitung in der jeweiligen Landessprache Obst und Schokolade mit und vor allem Zeit für ein Gespräch.
Die Flussschifferkirche zu Hamburg ist eine Kirche des Kirchenkreises Hamburg-Ost, die ohne Pfarrstelle und Kirchensteuern arbeitet. Im Jahre 2007 hat der Förderverein der Flussschifferkirche das Kirchenschiff als Dauerleihgabe übernommen mit dem Auftrag, das über 100 Jahre alte Kirchenschiff als kirchlichen Ort für die Stadt Hamburg, ihre Bürger und den Hamburger Hafen zu erhalten. Zur Gemeinde gehört ebenso eine Barkasse mit dem besonderen Arbeitsbereich der Binnenschifferseelsorge.
Seit 2010 ergänzt das Café–Bistro Weite Welt das Angebot der Flussschifferkirche. Dort bietet das Rauhe Haus geschützte Arbeitsplätze für Menschen mit Einschränkungen an.
Der chrismon Gemeindepreis zeichnet besondere Projekte kirchlicher Arbeit aus. Die Vielfalt der unterschiedlichen Projekte zeigt ein buntes, kreatives Bild der evangelischen Kirche und lässt das hohe Engagement der Gemeindeglieder erahnen.