Seit 2003 leitete der Theologe die Geschicke der Katholischen Kirche im Norden. Bereits zu seinem 75. Geburtstag am 3. Dezember 2013 hatte Thissen den Papst um die Versetzung in den Ruhestand gebeten.
Der Landesbischof der evangelischen Nordkirche, Gerhard Ulrich, dankte Thissen "für alle Impulse und Initiativen". Er habe in seiner Amtszeit stets die Nähe zur Evangelischen Kirche gesucht und "mit großer Bestimmtheit das ökumenische Gespräch geführt". Dabei sei es "nie nötig gewesen, die Unterschiede zu verleugnen", sagte Ulrich in Schwerin. Er ist auch Leitender Bischof der Vereinigten Evangelisch-Lutherischen Kirche Deutschlands (VELKD).
Bürgermeister Olaf Scholz (SPD) dankte Thissen für sein langjähriges Wirken. Er habe durch sein persönliches Engagement "nicht nur die Ökumene in Hamburg sehr gefördert, sondern es auch stets verstanden, den gemeinsamen Dialog mit dem Senat zu suchen", schrieb Scholz. Diese "stets konstruktive Zusammenarbeit auf nicht immer einfachen Feldern" habe Thissen zu einem "verlässlichen Partner und Brückenbauer" gemacht.