Die schwimmende Kirche war einst als Weserküstenleichter (Baujahr 1905) unterwegs. 1952 wurde der Schleppkahn zur Kirche umgebaut, mit Glockentürmchen, Kreuz, Orgel und Platz für 150 Menschen. Das Kirchweihfest fand am 7. Dezember 1952 statt.
Förderverein übernahm Regie
Anfang 2007 drohte der Flussschifferkirche das "Aus", weil der damalige Kirchenkreis Alt-Hamburg sich den Betrieb nicht mehr leisten konnte. Was dann passierte, darf als kleine kirchenhistorische Besonderheit bezeichnet werden: Unter dem Vorsitz der Hamburger Kauffrau Christiane Hey-Laib gründete sich ein Förderverein, der im Juni 2007 das Kirchenschiff übernahm.
Erstmals wurde damit eine Kirche samt Gottesdiensten und Seelsorge "privatisiert". Der Förderverein erhielt das Kirchenschiff als "unentgeltliche Dauerleihgabe", nur nominell blieb der Kirchenkreis der Besitzer. Damit wurde die drohende Entwidmung umgangen. Die Predigten und Amtshandlungen halten Pastoren ehrenamtlich.
Ende 2010 nahm das Bistro-Café "Weite Welt" auf dem Ponton der Flussschifferkirche den Vollbetrieb auf. An Wochenenden wird es als Kirchencafé genutzt, für Veranstaltungen, Feiern und Hochzeiten. Sonntags öffnet das Café rund um den maritimen Gottesdienst, der immer um 15 Uhr beginnt. Weithin sichtbares Erkennungszeichen ist ein fast vier Meter hohes Holzkreuz - ein Geschenk der Hamburger Tischlerinnung.